Докторантурата във Факултет по транспорта предлага възможности за специализирано надграждане на знанията и провеждане на задълбочени научни изследвания по акредитирани докторски програми в професионалното  направление 5.5 “Транспорт, корабоплаване и авиация”. В избраната област, освен обучение, има възможност докторантите да участват в научноизследователски проекти, обмяна на опит с български и чуждестранни фирми и университети, участия в национални и международни семинари, конференции, реализиране на допълнителни доходи, което допринася за получаване на добър практически опит и по-добро кариерно развитие.

Докторантите имат всички студентски права: месечна стипендия при редовно обучение, общежитие, предсрочно завършване на  обучението, ползване на цялата материална база, да избират и да бъдат избирани в ръководните органи на Университета, участие по програма „Еразъм“ – обучение, стаж и разработване на части от дисертационния труд в университети от над 15 страни-членки на ЕС и др. В допълнение редовните докторанти получават месечна стипендия на стойност 1000 лева. 

Предлаганото обучение в образователно-научна степен “доктор” във Факултет по транспорта се извършва в една от следните докторантски програми:

• Автомобили, трактори и кари
• Двигатели с вътрешно горене
• Динамика, якост и надеждност на машините, уредите, апаратите и системите
• Локомотиви, вагони, трамваи
• Механизация и автоматизация на товарно-разтоварните работи
• Навигация, управление и експлоатация на въздушния транспорт
• Подвижен железопътен състав и теглителна сила на влаковете
• Приложна механика
• Строителна механика и съпротивление на материалите
• Теоретична механика
• Управление и експлоатация на железопътния транспорт
• Управление и организация на автомобилния транспорт