Факултет по транспорта има множество лаборатории за научноизследователска и учебна дейност, помещаващи се в блоковете 1^-ви, 9^-ти и 10^-ти на ТУ-София, както и в Националния Център по Мехатроника и Чисти Технологии (блок 8^-ми).

Част от лабораториите включват:

1. Научна лаборатория „Тензометрия“, оборудвана с тензометрична апаратура, средства за нейния контрол, софтуерни продукти за инженерен анализ, както и апаратура за изпитване на материалите при различни механични усилия.
2. Научна лаборатория „Вибрации и акустичен шум“ – АКРЕДИТИРАНА, предлагаща решения и анализ на вибрационни и акустични системи.
3. Научна лаборатория „Железопътна техника“, оборудвана с апаратура за изпитване на спирачните системи във влаковите композиции, както и с апаратура за изпитване на якостното състояние на елементите на железопътните талиги и желозопътните конзоли.
4. Научни лаборатории с двигатели с вътрешно горене за определяне на мощностните, екологичните и икономичните показатели на ДВГ, използващи различни горива, горивни смеси, горивни уредби и др.
5. Научноизследователска лаборатория „Организация и управление на автомобилния транспорт“, насочена към изследване, моделиране и анализ на процесите, свързани с безопасността на движението, автомобилните превози и техническата поддържка на превозни средства.
6. Научна лаборатория „Моделиране, анализ и синтез на мехатронни системи за железопътен транспорт“ – АКРЕДИТИРАНА, която се занимава с моделиране и анализ на възли и системи за нуждите на железопътния транспорт, базирани на метода на крайните елементи.
7. Научна лаборатория с аеродинамичен тунел за изследване на макети на летателни апарати и автомобили с цел цялостен аеродинамичен анализ.